Le budget du SOC est une part dédiée du budget général de l’interprofession et provient donc des contributions des acteurs de la filière, ainsi que, pour une faible partie, de redevances directes. La mission de service public du SOC est donc financée selon les mêmes principes que toutes les missions de contrôle de l’État dans le domaine sanitaire et phytosanitaire.
Le budget de la mission de service public du SOC est de 17,4 millions d’euros.